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水中的生物(主要是微生物)与人体健康关系密切，影响比较大的王要有细菌、病毒、致病原生动物，此外还有藻类、真菌、寄生虫、蠕虫等。

1.细菌

已发现饮用水中能引起肠道疾病的有:志贺氏（属），是细商性痢疾的病原体；沙门氏菌(属)，可致沙门氏菌病，它导致全身性较严重的疾患，引起毒血症，感染肝、脾、胆囊等，还能导致肠壁溃疡、出血、穿孔等；致病性大肠杆菌，可引起不同症状的腹泻;军团菌，可以使肺部受损，也可出现其他器官如肝、肾、心等受损，引起多种症状，死亡率较高;钩端螺旋体，具有较强的侵袭力，可通过皮肤微小伤口、眼结膜、鼻和口腔黏膜侵入体内，引起黄疸出血、流感伤寒、肺出血等，钩端螺旋体病爆发在世界上曾有多次报道；致病性弧菌(属)，霍乱弧菌引起的霍乱是一种烈性消化道传染病，此外还有麦契尼可夫弧菌、河弧菌、副溶血弧菌等均可致病；嗜水气单胞菌，能产生外毒素、可溶性的血凝素，引起人类O、A、B型血红细胞的凝聚，对人具有潜在的致病性;弯曲菌，以空肠弯曲菌最为常见，可引起轻重不等的肠炎;结核杆菌，是人和动物结核病的病原菌。

2.病毒

已有100 多种血清型肠道病毒在水体中检出。其中包括脊髓灰质病毒，最常见的一种病毒，严重时可导致脊髓灰质炎(小儿麻痹症)；柯萨奇病毒，可引起胸痛、脑膜炎等疾病；呼肠弧儿病毒(埃可病毒)，可引起胃肠炎、脑膜炎等疾病；非特异性病毒，有的病毒可引起呼吸道疾病和急性出血结膜炎，有的病毒可引起无菌性脑膜炎和脑炎等；腺病毒，能引起呼吸道疾病、眼部感染、胃肠炎等；甲型肝炎病毒，可引起病毒性肝炎，是一种典型而重要的水传染病毒疾病。

3. 寄生虫

可导致人类疾病的典型奇生虫有：隐孢子虫，由隐孢子虫卵囊可引发隐孢子虫病，是一种介水消化道传染病，是胃肠炎的病原体，许多国家的饮用水卫生标准中将其列为控制指标；兰伯氏贾第鞭毛虫，进人水中的兰伯氏贾第鞭毛虫包囊可感染形成甲第鞭毛虫病，该病是人类 10种主要寄生虫病之一，临床症状以腹泻为主；溶组织性阿米巴原虫，通过饮水途径，阿米巴能在人体宿主内引发慢性传染，引起阿米巴痢疾，最终发展成肝肿大，有时还能发展到其他器官。

4. 藻类

藻类污染是水体富营养化的结果，藻类在水中繁殖令水带有腥味，使人产生恶心、呕吐的症状。

对人体健康危害较大的是蓝绿藻。蓝绿藻中的一些藻类能产生微囊藻肝毒素，这是一种剧毒物质，对肝细胞有破坏作用，并能促进肝细胞癌变，是引起肝癌的危险因素之一。国外有报道，饮用有藻毒素污染的水导致家禽、家畜中毒死亡事件；有游冰者因接触含藻毒素的水而引起皮炎、中毒性肝炎事件；透析病人因透析液中有藻毒素而死亡等。

饮用含有某种病原因子的水，就可能染上相应的传染病。由于病原体的致病能力取决于侵袭性、活力、人的免疫力等，不存在容许浓度下限，人一旦感染，则在人体内迅速繁殖，故世界卫生组织(WHO）推荐饮用水的微生物指标是：肠道病原体以指示菌计，100mL 水样中不得检出埃希氏大肠杆菌或耐热型大肠杆菌，不得含肠道病毒、病原性原虫、 寄生虫、蠕虫，蓝绿藻毒素的暂定值为 11μg/L。采用指示菌作为卫生控制指标是因为直接逐一测定致病因子是困难的。其他的指示菌还有粪大肠菌、类球菌等。